Das Bundesministerium für Landwirtschaft, Regionen und Tourismus (BMLRT) organisierte den Joint Danube Survey mit und war maßgeblich an der Durchführung beteiligt. Diese gemeinsame Donau-Untersuchung aller 14 Staaten im Einzugsgebiet wird von der Kommission zum Schutz der Donau alle sechs Jahre organisiert.

51 Standorte an der Donau und den wichtigsten Nebenflüssen wurden untersucht – davon sechs Messstellen in Österreich: Jochenstein, Enghagen, Oberloiben, Klosterneuburg, unterhalb Wien und Hainburg. Zusätzlich wurden sieben Grundwasserstandorte und elf Kläranlagen untersucht.

Zustand der Donau hat sich verbessert

Die Ergebnisse zeigen, dass sich der Zustand der Donau  seit den letzten Untersuchungen in vielfältigen Aspekten verbesserte, aber auch, dass noch immer zahlreiche reduzierbare Belastungen vorhanden sind. Für einen derart großen Fluss ist die Donau in einem international vergleichsweise guten Zustand.

2.600 chemische Substanzen wurden gezielt untersucht und davon 580 im Wasser festgestellt, nur einige wenige davon überschreiten an einigen Stellen die Grenzwerte. Zusätzlich wurde mit modernsten Screening-Methoden auf mehr als 65.000 Substanzen untersucht, wovon 2.000 in geringsten Konzentrationen gemessen werden konnten.

In der gesamten Donau wurde mit 72 Fischarten das fast vollständige natürliche Artenspektrum festgestellt, in Österreich davon 40 Arten. Trotzdem ist der ökologische Zustand der Fische aufgrund zu geringer Dichten nicht zufriedenstellend und weist auf fehlende Lebensräume hin. Zusätzlich sind Effekte des Klimawandels festzustellen.

Erstmals wurde Mikroplastik in umfangreichem Ausmaß in Donau-Sediment und in Muscheln analysiert. Mikroplastikpartikel sind zwar in geringer Konzentration, jedoch überall zu finden. Ein österreichisches Mikrobiologenteam untersuchte fäkale Belastungen, die seit dem letzten Joint Danube Survey im Jahr 2013 abnahmen, und erhob die Antibiotikaresistenz von Keimen im Wasser, die weiter zunimmt.